Okres dominacji mongolskiej w Chinach jest dość słabo znany. To właśnie wtedy pojawili się tam pierwsi Europejczycy jak np. Marco Polo i jego dwaj bracia. Epoka ta kojarzy się też z metaforą zbytku i bogactwa, czego najlepszym przykładem było imponujące Xanadu, letnia stolica władców z dynastii mongolskiej Yuan (1279-1368). Potomkowie Czyngis – Chana dokonali też zjednoczenia Chin. Doprowadzili także do gwałtownego do rozwoju handlu, rzemiosła i rolnictwa.
W czasach rządów wojowniczego Czyngis – Chana (1206-1227) Chiny były rozbite na szereg zwalczających się państw. Wielki chan zaatakował najpierw najsłabsze z państw – Xixia. W 1212 roku władca tego królestwa uznał się za wasala imperium mongolskiego. Potem nastąpiły najazdy koczowników na cesarstwo Cin rządzone przez Dżuczernów. Po kilku zaciekłych bitwach cały obszar od Żółtej Rzeki po Szantung znalazł się w rękach Czyngisa. W 1226 roku cesarz państwa Cin musiał uznać Czyngis-chana za swego suzerena. Już w 1221 roku Mongołowie zaanektował mandżurską prowincję cesarstwa Cin. Także i w tym czasie Korea została im podporządkowana. Po śmierci ostatniego cesarza państwa Cin w 1234 roku wielki chan wcielił resztę prowincji cesarskich do imperium mongolskiego. Dalszy etap podboju Chin został odłożony z powodu podbojów w innych regionach świata.
W 1259 roku wielkim chanem Mongołów został Kubiłaj (1259-1294). Przystąpił on energicznie do dalszego podboju państwa środka. Istniało tam jeszcze na południu kraina rządzona przez dynastię Song. Podbój tego tworu zakończył się w 1279 roku. Ostatni cesarz popełnił samobójstwo. Chiny zjednoczone przez Mongołów stały się częścią ich imperium na okres blisko 90 lat. Kubiłaj w 1279 roku ogłosił powstanie dynastii Yuan i przeniósł stolicę z położnego w stepie Karakorum do Pekinu. Podbój Chin okazał się największym z sukcesów Mongołów. Trwał ponad 70 lat. Warto podkreślić, że podzielone Chiny przed podbojem mongolskim liczyły 120 milionów mieszkańców. W wyniku trwających pół wieku walk ich liczba spadła o prawie połowę, co jest większą stratą niż ubytek demograficzny walk z Japonią podczas wojny z lat 1937-1945 (szacunki oscylują pomiędzy 55 a 72 miliony zmarłych). Wojska mongolskie toczyły walki na przestrzeni milionów kilometrów kwadratowych. Nie cofnęły się, nawet gdy dochodziło do walk na Morzu Południowochińskim (Mongołowie byli słabymi żeglarzami). W chwili zakończenia walk ludność Chin liczyła 77 milionów na obszarze 11 milionów kilometrów kwadratowych.
Zajęcie państwa środka nie wyhamowało podbojów Czyngisydów w tej części Azji. Niepowodzeniem zakończyły się dwie próby opanowania Japonii (1274 i 1281). W 1286 roku zwierzchnictwo mongolskie uznały wyspy indonezyjskie. Ekspansja w czasach Kubiłaja poszła też w kierunku podboju Półwyspu Indochińskiego. Jego zwierzchnictwo na tym terenie uznało wiele państw.
Cesarz Kubiłaj sprzyjał buddyzmowi, otoczył się też chińskimi doradcami. Ważnym elementem w polityce gospodarczej było odnowienie prac nad Wielkim Kanałem i odbudowa sieci dróg. Opodatkowano też obcych kupców. W jego czasach utworzono Urząd Podatków Rynkowych. Powszechny stał się też papierowy pieniądz. Stał się on jedynym środkiem płatniczym w cesarstwie Yuan. Z jednej strony było to bardzo bezpieczne, bo nie było koniecznym przewożenie dużej ilości szlachetnych kruszców. Aby uniknąć dewaluacji, banknoty wymieniano na złoto i srebro. Mongołowie w Chinach usprawnili też sprawnie działający do tej pory system administracji. Za panowania Mongołów nastąpił duży rozkwit buddyzmu, który został w końcu religią państwową. Sprzyjał temu sam Kubiłaj, który przyjął tę religię. Klasztory buddyjskie z zostały zwolnione z płacenia podatków. Z inicjatywy wielkiego chana doszło też do zjednoczenia Tybetu, który stał się pod władzą lamów państwem zależnym o Chin.
W 1275 roku, gdy toczyły się ostatnie walki o podporządkowanie Chin, na dwór wielkiego chana w Pekinie przybył Marco Polo wraz ze swoimi braćmi. Kubiłaj przyjął weneckich kupców z otwartymi rękami, jednak przez 17 lat ich powrót do Europy był problematyczną kwestią. Przez prawie 2 dekady byli oni gośćmi na dworze chińskim. Tak długi okres wpłynął na ukształtowanie się najmłodszego z braci Polo – Marca. Stał się on ulubieńcem Kubiłaja . Załatwiał z polecenia cesarza różne sprawy. Podróżował po całym kraju, kierował administracją jednego z miast. Nabył też znajomość kilku języków. Wreszcie brał udział w misjach dyplomatycznych poza granice Chin. Swoje wieloletnie obserwacje podyktował wiele lat później w genueńskim więzieniu towarzyszowi niewoli. Relacja znana jako „Opisanie świata” stała się szybko jednym z kanonów europejskiej literatury podróżniczej. W dziele można znaleźć sporo w niej wiadomości o Chinach. Kubiłaj jest w niej bohaterem na wskroś pozytywnym. Każdej z jego zalet poświęcony jest w dziele krótki paragraf. Książka stanowi prawdziwe kompendium wiedzy o XIII –wiecznej Azji.
Imperium chińsko-mongolskie, było postrzegane jako przeciwwaga dla świata muzułmańskiego, stało się celem innych licznych europejskich poselstw. Warto tu wspomnieć o błogosławionym Janie z Montecorvino (1247-1328). Choć nie został kanonizowany, jest do dziś uznawany za pierwszego świętego przez chińskich katolików. Był on włoskim franciszkaninem i misjonarzem, który został pierwszym arcybiskupem Pekinu. Papież powierzył mu misję krzewienia wiary chrześcijańskiej w Azji. W 1294 roku pojawił się on Chinach w czasie, gdy nie żył już Kubiłaj. Nowy cesarz Temür Öldżejtü (1294-1308) choć był buddystą, jak poprzednik nie był jednak przeciwny misji katolickiej. W 1299 roku włoski misjonarz wybudował pierwszy kościół katolicki w Pekinie. Za nim powstały kolejne świątynie, klasztory, a także szkoła. Efektem pracy Jana z Montecorvino były tysiące nawróconych na katolicyzm Mongołów i Chińczyków. W 1307 roku papież Klemens V, zadowolony z sukcesów misjonarza, wysłał siedmiu franciszkańskich biskupów. Ci konsekrowali Jana na arcybiskupa Pekinu i całych Chin (1308). Już w 1312 roku powstało 31 nowych biskupstw w tej części Azji podległych katolickiemu metropolicie Pekinu. Po upadku Władzy Mongołów w Chinach przestały jednak istnieć.
Wspomniany Temür Öldżejtü wnuk Kubiłaja był zarazem szóstym wielkim chanem i drugim cesarzem Chin z dynastii Yuan. W stosunkach zewnętrznych prowadził politykę pokojową. W przeciwieństwie do Kubiłaja nie należał do władców rozrzutnych i nie prowadził kosztownych wojen. W polityce wewnętrznej kontynuował tolerancję religijną, choć odebrał buddyjskim klasztorom przywileje podatkowe. Śmierć cesarza w 1307 roku zapoczątkowała okres chaosu w dziejach Mongołów w Chinach. W latach 1307-1333 o tron rywalizowało aż siedmiu władców. Pierwszy z nich Külüg-chan (1308-1312) umarł od pijaństwa i rozpusty. Zasłynął także tym, że kazał stracić wdowę po swym poprzedniku. Okres panowania kolejnych mongolskich cesarzy to czas zupełnej anarchii. Niektórzy z nich panowali jedynie po kilkanaście miesięcy. Sytuację opanował dopiero Togon Temür, który okazał się zarazem ostatnim mongolskim władcą Chin (1333-1368). Wstąpił na tron w wieku 13 lat. Był on zupełną marionetką w rękach urzędników i wojskowych. Oddawał się głównie zabawom i rozpustom alkoholowym. Za jego czasów wprowadzono w Chinach zakaz piastowania wysokich stanowisk w administracji przez Chińczyków. Z powodu buntów zabroniono im także posiadania broni. Doprowadziło do fermentu, który miał swoje poparcie na wsi chińskiej. Powstał masowy bunt pod nazwą Powstanie Czerwonych Turbanów. Szybko przybrał on charakter masowy, co w przypadku Chin nie było trudne. Szacuje się, że w 1350 roku państwo środka zamieszkiwało 87 milionów Chińczyków, a jedynie 2 miliony Mongołów. Główną rolę w ruchu antymongolskim odgrywał Zhu Yuanzhang. Od 1355 roku był on naczelnym dowódcą wojskowym Czerwonych Turbanów. Ostatecznie w 1368 roku nastąpił kres dynastii Yuan. Togon Temür zbiegł po zdobyciu Pekinu do Mongolii. Na tronie cesarskim zasiadła zaś dynastia Ming (1368-1644). Pierwszym cesarzem został Zhu Yuanzhang (1368-1398). Wielcy chanowie utrzymali się jeszcze kilka stuleci, ale tylko w rodzimej Mongolii bez szans na odzyskanie Pekinu.
Jak należy ocenić panowanie Mongołów w Chinach? W historiografii panują dwuznaczne oceny. Po pierwsze panowanie potomków Czyngis – Chana nie wywarło żadnego dodatniego wpływu na kulturę chińską, ponieważ Mongołowie asymilowali się z trudnością z rodzimą ludnością. Sama Mongolia też nic nie zyskała, gdyż stała się peryferyjną prowincją cesastwa Yuan. Wyciągano z niej, głównie zasoby ludzkie do uzupełniania kontyngentów wojskowych, aby utrzymać porządek na rozległych terytoriach.
Władcy mongolscy rządzili Chinami, dzieląc ludy całego swojego imperium na różne kategorie, umiejętnie podburzając jednych przeciwko drugim. Upowszechnili także zwyczaj picia alkoholu. Warto jednak podkreślić sukcesy na polu gospodarczym. To wtedy zaczął się na szeroka skalę handel pomiędzy Azją a Europą. Rolnictwo i rzemiosło chińskie rozprzestrzeniło się na inne tereny podporządkowane Mongołom. Z tych względów okres dominacji mongolskiej w państwie środka nie może być oceniany jednoznacznie negatywnie.